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水産課は、1918年6月6日の「台湾総督府官房並民政部各局署部分課規程」により新設された、殖産局の内局である。その職掌は、①水産業に関する事項、②水産試験に関する事項、③海洋・水産調査に関する事項、とされた。1924年12月25日、「台湾総督府官房並各局事務分掌規程」の規程に基づき、水産課は廃局となり、その事務は農務課水産係に引き継がれた。その後、1929年5月12日、水産課が再置された。「台湾総督府官房並各局事務分掌規程中改正」によると、再置された水産課には漁政係と水産係が置かれた。1943年11月30日、勅令第897号「行政機構整備実施ノ為ニスル台湾総督府官制中改正ノ件」によって殖産局が廃局となると、水産課は新設された農商局に引き継がれることとなった。

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「台湾総督府報」1918年6月6日（典蔵号0071021579e002）。「台湾総督府報」1924年12月25日（典蔵号0071023412e023）。「台湾総督府報」1929年5月12日（典蔵号0071030665a001）。「台湾総督府報」1930年5月6日（典蔵号0071030951a003）。「御署名原本・昭和十八年・勅令第八九七号・行政機構整備実施ノ為ニスル台湾総督府官制中改正ノ件」（Ref. A03022879099）。