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商工課は、1908（明治41）年7月の台湾総督府殖産局農商課の分割で設置された。商業、工業、水産に関する事項、そして博覧会・共進会・品評会や博物館・陳列館に関する事項を所掌した。1919（大正8）年8月、台湾総督府官制改正（勅令第393号）によって台湾総督府民政部が廃止されたため民政部殖産局商工課から殖産局商工課となった。この時点の商工課には、商事係、工務係、調査係、監理係、権度係、博覧会係が置かれていた。1922（大正11）年2月には商事係、工務係、監理係、調査係の四係体制に再編され、1925（大正14）年5月には商工係、監理係、鉱務係、地質係、1930（昭和5）年5月に商工係、監理係、統計資源係、1933（昭和8）年7月には商業係、工業係、監理係、米穀統制係、1940（昭和15）年4月には商業係、工業係、監理係、物資需給調整係と体制は変遷した。1942（昭和17）年11月の事務分掌規程改正で商工課は商政課に改められ、工業関係は総務課に移管された。

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勅令第393号は、A03021213300。台湾総督府『府報』第1617号、1918年7月24日、80頁。台湾総督府『府報』第2578号、1922年2月3日、10－11頁。台湾総督府『府報』第3510号、1925年5月3日、8－10頁。台湾総督府『府報』第951号、1930年5月6日、15－17頁。台湾総督府『府報』第1867号、1933年7月25日、53頁。台湾総督府『府報』第3850号、1940年4月2日、11頁。『台湾総督府官報』第456号、1943年10月8日、54－56頁。