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農務課は1908（明治41）年7月に台湾総督府民政部殖産局農商課の分割によって設置され、1919（大正8）年8月の民政部廃止後には殖産局農務課となった。民政部廃止の時点で農務課には農政係、農産係、畜産係、蚕業係、土地改良係が設置されていた。1922（大正11）年2月の改正で蚕業係は農産係に統合された。1925（大正14）年5月の新たな殖産局事務分掌規程では、農務係、畜産係、水産係の3係体制となった。1927（昭和2）年1月の事務分掌規程では農産係が農政係と農産係に分割された。1930（昭和5）年5月の改正で水産係は水産課に昇格した。1937（昭和12）年2月には山地開発係が加えられた。1940（昭和15）年6月の改正で係が細分化して再編され、農業調整係、農政係、農地係、小作係、農産係、特殊農産係、畜政係、畜産係、馬産係が設置された。1941（昭和16）年1月に農業資材係が加えられた。1943（昭和18）年10月の再編成で総務係、農政係、農業資材係、農産第一係、農産第二係、農産第三係および畜産係の体制となった。1943年11月に台湾総督府官制改正（勅令第897号）により殖産局が廃止され、農務課は新設の農商局の下に置かれた。

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勅令第393号は、A03021213300。台湾総督府『府報』第1808号、1919年4月16日、79頁。台湾総督府『府報』第2578号、1922年2月3日、9－10頁。台湾総督府『府報』第3510号、1925年5月3日、8－10頁。台湾総督府『府報』第3510号、1925年5月3日、8－10頁。台湾総督府『府報』第16号、1927年1月19日、36－38頁。台湾総督府『府報』第951号、1930年5月6日、15－17頁。台湾総督府『府報』第2905号、1937年2月13日、12頁。台湾総督府『府報』第3913号、1940年6月15日、35頁。台湾総督府『府報』第4089号、1941年1月15日、34頁。『台湾総督府官報』第456号、1943年10月8日、56頁。農商局については、A03022879099。