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蕃務課は台湾総督府民政部蕃務本署に置かれた課の一つで、原住民族に対する撫育や警戒等に関する事項を掌った。1909年10月23日に勅令270号によって蕃務本署が設置された後、27日に処務規程が制定され、蕃務本署蕃務課には、理蕃掛、兵器掛、測図掛の3つの係が置かれることとなった。理蕃掛では、蕃人撫育、蕃地の警戒、探検及び討伐に関する事項、蕃社台帳に関する事項、蕃人、蕃地統計に関する事項、調査に関する事項を所掌した。兵器掛では兵器、火工に関する事項を、測図掛では蕃地測量ならびに製図に関する事項を所掌した。蕃務本署は1915年7月の官制改正において廃止された。

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「台湾総督府官制改正」勅令第270号（1909年10月）については、A03020813800を参照。「蕃務本署処務規程」（台湾総督府『府報』第2843号、1909年11月27日）。「台湾総督府官制中改正」（『官報』第892号、1915年7月22日）。

大津麟平・警察本署蕃務課長（1907年5月1日現在）／大津麟平・警察本署蕃務課長・警視総長兼務（1909年5月1日現在）／中田直温（1910年5月1日現在）／高塚彊・理蕃課長心得（1912年5月1日現在）／亀山理平太・理蕃課長事務取扱（1913年7月1日現在）／加藤豊次・理蕃課長事務取扱（1914年5月1日現在）／後藤祐明・理蕃課長・保安課長兼務（1915年5月1日現在）／江口良三郎・警察本署理蕃課（1916年5月1日現在）