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台湾総督府総督官房秘書課は、1901（明治34）年11月、台湾総督府官房並民政部警察本署及各局分課規程により設置された。同規程により秘書課は、機密、文官の進退及び身分、総督の官印及び府印の管守、恩給遺族扶助及び諸手当、叙勲及び褒賞、儀式典礼、その他に関する事項を所管した。1919（大正8）年6月29日の事務分掌規程改正により秘書官副官室が設置されると、総督の官印及び府印の管守に関する事項は秘書官副官室に移管されたが、1924（大正13）年12月25日の事務分掌規程改正により秘書官副官室の業務は秘書課に再統合された。1936（昭和11）年10月7日の事務分掌規程改正により秘書課は廃止され、官房内にはこれに代わって秘書官室と人事課が新設された。

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「台湾総督府官房並民政部警察本署及各局分課規程」（1901年11月11日台湾総督府訓令第354号）『台湾総督府報』第1504号、1901年11月11日。「台湾総督府官房並民政部事務分課規程」（1919年6月29日台湾総督府訓令第第100号）『台湾総督府報』号外、1919年6月29日。「台湾総督府官房並各局事務分課規程」（1924年12月25日台湾総督府訓令第第102号）『台湾総督府報』号外、1924年12月25日。「台湾総督府官房並各局事務分課規程改正」（1936年10月7日台湾総督府訓令第第49号）『台湾総督府報』第2804号、1936年10月7日。

大鳥富士太郎（1897年11月1日現在）／大津麟平（1902年5月1日現在）／三村三平（1909年5月1日現在）／小林音八（1915年5月1日現在）／木村通（1916年5月1日現在）／石井光次郎・外事課長兼務（1919年5月1日現在）／喜多孝治（1920年7月1日現在）／松田三徳（1922年7月1日現在）／平山泰（1925年1月1日現在）／一戸二郎（1927年1月1日現在）／平島敏夫（1928年7月1日現在）／杉本良・課長事務取扱（1929年8月1日現在）／大谷忠四郎（1930年1月1日現在）／石川重男・文書課長兼務（1931年1月1日現在）／小林鐵太郎（1931年7月1日現在）／桝山保一（1932年7月1日現在）