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征討費総理事務局は、「九州地方賊徒」すなわち西南戦争の征討費決算のために設置された部局である。西南戦争の征討費は総計4156万円余に上り、また仮渡金の精算や残余物品・分捕品の処分が要務とされた。これら征討費を通常歳費を区分し、より迅速に決算することを目的として、専管部局の設置が求められた。1877年11月22日付の太政官達第86号により、太政官内に設置。1878年8月に太政官より大蔵省へ移管。1879年12月、決算が完了したことを受け、同月25日に廃止となった。

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「九州賊徒征討費決算整理の為め太政官中一局を被定達」（アジ歴Ref：C07040050000）。「征討費残余金征討費総理事務局へ納付達」（アジ歴Ref：C07040050700）。「各省決算報告書・九州地方賊徒征討費決算報告書」（アジ歴Ref：A10110383200）。『明治時代史大辞典』第2巻、吉川弘文館、421-422頁（執筆：保谷徹）。「太政官中征討費総理事務局設置」「賊徒征討費整理規程」（国立公文書館DA：太00831100）。

長官：大隈重信