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衛生課は台湾総督府において衛生業務を担当した部署である。衛生課設置以前、1895年5月の「台湾総督府仮条例」において、総督官房に衛生事務総長が置かれた。同年７月には森林太郎（鴎外）が就任したが、８月に廃止され、森は陸軍局軍医部長に転じた。1896（明治29）年4月、民政局総務部に衛生課が置かれた。1897年10月、衛生課は民政局（1898年に民政部に改組）所属に改組された。1898年6月の分課規程に定められた衛生課の業務は、伝染病および地方病の予防その他すべて公衆衛生に関する事項、医制薬制ならびに売薬に関する事項、阿片専売に関する事項、であった。1899年7月、業務に医学校に関する事項が追加された。1901年11月、台湾総督府官制改正により警察本署が新設され、衛生課が警察本署に移された。1909年10月、官制改正により民政部内の組織が改組され、衛生課は新設の内務局に移された。1911年10月、官制改正により警察本署が再設置され、衛生課が警察本署に移された。

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伊藤博文編『秘書類纂』第18巻（秘書類纂刊行会、1936年）450-454頁山田弘倫『軍医森鴎外』（文松堂書店、1943年）78頁佐久間温巳「初期の植民地医療における現役軍医の役割」（『日本医史学雑誌』第30巻第2号、1984年）65頁「民政局分課規程」（『台湾総督府例規類抄』、台湾総督府、1896年、50-53頁）A03020233000「無号　民政局各部分課規程制定ノ件」（1896年4月24日、台湾総督府公文類纂『明治二十九年甲種永久保存第二卷』、典藏號00000056002「臺灣總督府行政事務規程」（台湾総督府訓令第136号、1897年10月28日）『台湾総督府報』第186号、1897年10月28日「臺灣總督府官房及民政部分課規程」（台湾総督府訓令第149号、1898年6月30日）『台湾総督府報』第317号、1898年6月30日 　「臺灣總督府官房及民政部分課規程中追加」（台湾総督府訓令第197号、1899年7月2日）『台湾総督府報』第551号、1899年7月2日 A03020510400「臺灣總督府官房竝民政部警察本署及各局分課規程」（台湾総督府訓令第354号、1901年11月11日）『台湾総督府報』第1054号、1901年11月11日

森林太郎（鴎外）