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台湾総督府民政局臨時土木部土木課は、1896（明治29）年5月、台湾総督府民政局臨時土木部が設立された後に、同月に台湾総督府民政局臨時土木部分課規程に基づき設置された。同分課規程によれば、土木課は、道路橋梁河川、港湾調査及び築港、水道排水及び水面埋立に関する事項を所管するとされ、課長には事務官か技師が充てられることになった。1897（明治30）年11月に台湾総督府官制が施行されたことと引き換えに、臨時土木部および臨時土木部官制は廃止となり、土木課の業務は財務局土木課に引き継がれた。

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「台湾総督府民政局臨時土木部官制」（1896年5月2日勅令第169号）『官報』第3851号、1896年5月4日、29-30頁。「台湾総督府民政局臨時土木部分課規程」1896年5月21日（『台湾総督府档案』典蔵号：00000056010）「台湾総督府民政局事務仮規程」『台湾総督府報』第104号、1897年6月22日、33-36頁。「台湾総督府民政部分課規程」（1898年6月30日台湾総督府訓令第149号）、『台湾総督府報』第317号、1898年6月30日、85-86頁。