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台湾総督府民政局通信部海事課は、1896（明治29）年4月施行の台湾総督府民政局官制により民政局に通信部が置かれた後、同月施行の台湾総督府民政局各部分課規程によって設置された。同分課規程において海事課は、船舶海員及び海事会社、航路・航路標識及び気象、水運事業の監督という3項目に関する事務を所管していた。1897（明治30）年6月に民政局各部分課規程に代わって民政局事務仮規程が公布された際に海事課は維持されたが、同月には民政部分課規程が新たに定められ、通信部が通信課に改められることで、海事課は廃止された。

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「台湾総督府民政局官制」（1896年3月30日勅令第90号）、『官報』第3823号、1896年3月31日、491-492頁。「台湾総督府民政局各部分課規程」『官報』第3847号、1896年4月29日、435-436頁。「台湾総督府民政局事務仮規程」『台湾総督府報』第104号、1897年6月22日、33-36頁。「台湾総督府民政部分課規程」（1898年6月30日台湾総督府訓令第149号）、『台湾総督府報』第317号、1898年6月30日、85-86頁。