樺太の守備及び陸軍の建造物の保護を任務とした部隊。1905（明治38）年に樺太が日本に帰属することが決定した際、大泊(コルサコフ)に設置された。1907年豊原(現在のユジノサハリンスク)に移転した。第7師団に属して樺太の防衛に当たった。樺太庁政が確立し、また国際情勢が安定したことに伴い1913（大正2）年5月に廃止された。

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「樺太守備隊司令部条例ヲ定ム」Ref：A01200012800、「樺太守備隊及樺太衛戍病院廃止ノ件」Ref： A04010269400。