1903（明治36）年11月の陸軍運輸部条例(勅令第200号)に基づき、1904年4月に設置され、陸軍の運輸業務を担った。前身は台湾陸軍補給廠。台湾陸軍補給廠は、1902年1月の制度改正により同廠が担っていた給養業務が台湾陸軍経理部に移管されたため、海上輸送業務のみを担当していたことと、台湾以外の外国駐屯部隊への海上輸送も担っていた関係から、陸軍運輸部に改組されることとなった。陸軍運輸部は台湾守備隊及び他の在外陸軍部隊への人馬・物資の海上輸送並びに台湾軽便鉄道に関する業務を担当した。本部は宇品(現在の広島市)、支部は門司・基隆・台中に置かれ、本部長は陸軍大臣に隷属した。1906年6月日露戦争の帰還兵に対する検疫を担った臨時陸軍似島検疫所が陸軍運輸部の所管となった。日露戦争後、従来の台湾を中心とした船舶輸送が遼東半島・朝鮮・樺太へと拡大し、これに関わる鉄道輸送業務も増大したため、1908年3月の条例改正により、陸軍が所有または使用する船舶の管理、陸軍に属する人馬・物資の船舶輸送及びこれと連絡する鉄道輸送を管掌することとなり、台中支部が廃止され、大連・仁川・元山・大泊(コルサコフ)に支部が新設された。1909年4月の条例改正では、臨時陸軍似島検疫所及び門司・仁川・元山・大泊支部が廃止され、新たに釜山支部が設置された。1923（大正12）年3月本部長が部長に、支部が廃止されて出張所に改編された。

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「師団経理部条例○台湾陸軍経理部条例○陸軍経理学校条例○対馬警備隊司令部条例○陸軍懲治隊条例○軍馬補充部条例○砲兵工廠条例○衛戍病院条例○陸軍獣医学校条例○陸軍砲兵工科学校条例中ヲ改正シ○陸軍会計監督部条例○陸軍運輸部条例ヲ定ム」Ref：A15113453900、「御署名原本・明治三十六年・勅令第二百号・陸軍運輸部条例制定台湾陸軍補給廠条例廃止）」Ref：A03020575300、「御署名原本・明治四十一年・勅令第二十号・陸軍運輸部条例改正」Ref：A03020749000）。