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水路寮は水路の測量、海図の製作、水路誌の編纂、気象や海象の観測など、航海の保安に関することを担った海軍の組織。1872年（明治5）10月、兵部省海軍部に設置された水路局を廃し、海軍卿直下の組織に改編して設置された。同年11月に『海軍条例』が制定され、水路寮は「海路測量水路嚮導監督灯台浮標建築補持配置等ヲ掌ル」と定められた。翌年7月には分課が定められ、庶務課・会計課・測量課・製図課・教授課・編集課が設置された。水路寮時代の事項としては1873年（明治6）2月、台湾水路誌の完成、1874年（明治7）7月、観象台の竣工などがあげられる。1876年（明治9）9月、再び内局の海軍水路局となった。

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「省中布告　所轄庁達　水路局を廃し水路寮設置の件」（アジ歴Ref: C09110002600）、「海軍条例」（アジ歴Ref: C11081180800）、「太政官　水路寮を水路局と改正の義更に御達相成度上請」（アジ歴Ref: C06090168000）。 水路部編『水路部沿革史―自明治19年至大正15年―』（水路部、1935年）、海軍大臣官房編『海軍制度沿革』巻二（海軍大臣官房、1939年、375～409頁）。