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台湾課は、台湾統治に関する事務を管掌する内務省の部署である。1898年10月22日公布の勅令第259号において、内務大臣官房が台湾関係事務を掌ることと定められた。それまでは省内の台湾事務局が台湾統治に関する事務に当たっていたが、大臣官房下に新設された台湾課に引き継がれた。1900年5月19日、勅令第191号によって総務局が設置されたことに伴い、台湾課は総務局の管下となった。ところが、1903年12月4日の勅令211号によって総務局が廃止され、台湾課は内務大臣官房下に再び編入された。1910年6月21日、勅令第279号により拓殖局が設置されたことで、廃止。

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御署名原本・明治三十一年・勅令第二百五十九号・内務省官制改正台湾事務局官制及明治二十七年勅令第六十六号（内務省土木技監設置ノ件）廃止（A03020355800）。御署名原本・明治三十三年・勅令第百九十一号・内務省官制中改正削除（A03020460300）。御署名原本・明治三十六年・勅令第二百十一号・内務省官制中改正（A03020576400）。御署名原本・明治四十三年・勅令第二百七十九号・拓殖局官制（A03020859200）。

(1898-1900)課長：森田茂吉(1903-1910)課長：熊谷喜一郎（1902年-1905年）→有吉忠一（1905年7月-1908年3月）→杉山四五郎（1908年3月-1908年12月）→川村竹治（1908年12月-1909年10月）→杉山四五郎（1909年10月-1910年6月）