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1945（昭和20）年8月26日に農商省から農林省に復活。新たな農林省官制下で発足した水産局は、同年10月26日に分課規程が改められた。終戦時には漁政課と水産課の２課であった行政機構は、漁船課が加わり３課となった。漁政課では、専門漁業その他漁業の免許及び漁業登録、機船底曳網漁業、汽船トロール漁業、捕鯨業、母船式漁業及び北洋漁業、水産講習所及び水産試験場に関する事項を所掌。漁船課では漁船及び漁船発動機、漁船乗組員その他漁業従業者、漁船保険特別会計に関する事項、水産課では、漁業藻類の集荷・配給・消費、水産加工食品の生産、配給、水産物の配給統制、鮭・鱒・蟹の缶詰工業、製氷、冷凍及び冷蔵に関する事項を所掌した。水産業の振興、水産物増産の重要性に鑑み、1948（昭和23）年７月１日、水産庁設置法（法律第78号）が公布施行される。この法律によって農林省の内局であった水産局は改編され、より拡充した外局たる水産庁が設置された。

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農林大臣官房総務課編『農林行政史』第6巻、財団法人農林協会、1972年、11-21、56-63頁。「農商務省・農林省・農商省・農林水産省機構変遷図（その２）、（その３）」『国史大辞典11』吉川弘文館、1990年、389-391頁。