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馬政局はもともと1906年（明治39年）5月30日公布の勅令第121号に基づき、内閣総理大臣の管理下に設置され、馬匹の改良・繁殖などの業務を担っていた。その後、1910年（明治43年）6月に陸軍大臣の管理下に移管され、馬政長官に現役の陸軍中将または少将が就任することとなり、陸軍の影響が強まった。しかし、1923年（大正12年）3月になり、農林省に畜産局が設置されたことにより馬政局は廃止となった。1936（昭和11）年に至り、社団法人帝国馬匹協会などから馬産振興・馬政局設置の建議・請願が出されたことから、同年7月4日公布の勅令第164号により馬政局が復活し、農林省の外局として設置され農林大臣の管理下に置かれることとなった。この時の馬政局は馬の改良・繁殖が主要な業務であり、それに加え軍用適格馬の資格判定・軍馬資源の調査も行うこととされた。馬政局長官には農林次官が当たることとされたが、陸軍佐尉官の中から事務官4名を置くことと規定されており、また1937（昭和12）年7月の官制改正では馬政局次長に陸軍将官を当てることが規定されるなど、陸軍との関係が重視されていた。日中戦争勃発後、軍馬の不足が問題となる中、1938年9月10日に馬政局長官により「内地馬政計画樹立ニ関スル件」が決定され、これにより日本の馬政はそれまでの有能乗輓馬充実という目標から、戦地での軍馬・軍用馬増産というより明確なものへとシフトした。さらに、1939（昭和14）年4月6日には総力戦体制の一環として「種馬統制法」および「軍馬資源保護法」が公布され、軍馬の増産がより推進されることとなり、馬政局がその主要な役割を担った。その後、馬政局は1943（昭和18）年11月の農商省発足に伴い、農商省の部局として再編された。

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「昭和十一年・馬政局官制」（Ref：A03022034600）。「馬政局官制ヲ定メ○奏任文官特別任用令中ヲ改正ス・（馬政局理事官設置）」（Ref：A14100495400）。「昭和十二年・馬政局官制中改正」（Ref：A03022109900）。武市銀治郎『富国強馬　ウマからみた近代日本』講談社メチエ、1999年、190～191頁。「内地馬政計画樹立ニ関スル件」（国立公文書館デジタルアーカイブ：纂02364100）。