1948（昭和23）年9月の連合国軍総司令官司令（SCAPIN1931）による特定船舶の船舶運営会による運用の解除、および貨物船の定期用船への切り替えに関する指令に対応するため、1949（昭和24）年1月26日に政令第26号として公布された。船舶運航管理令では、100総トンを超える船舶につき、帰還輸送船（在外日本人の引揚）、政府所有の特殊用途船（漁業取締用・漁業調査用・漁業練習用・ケーブル敷設用・気象観測用・航海練習用・浚渫用など）、民間所有の特殊用途船（ケーブル敷設用・引船用・浚渫用・旅客運送用）、および漁船・捕鯨船を除き、同年4月から定期用船に切り替えることが規定された。船舶運航管理令公布時、船舶運営会が運航する帰還輸送船は34隻であり、上述の政府・民間所有の特殊用途船を除き、貨物船593隻・油槽船78隻・貨客船25隻・セメント船1隻の計697隻が定期用船に切り替えられた。定期用船方式は海運の民営還元への第一歩とも言えるものであり、海運会社の部分的な企業活動の再開でもあった。具体的には、それまで船主は自らの船舶を船舶運営会に供出し、船舶使用料を受け取るだけであったものが、定期用船方式の採用により、船員の配乗・燃料等の補給・船舶の修繕を自らの負担で行い、運航可能にした状態で船舶運営会に貸し出し、定期用船料を受け取ることとなり、部分的ではあるが経営努力による収益増加を見込めるようになったのである。その後、1950年3月4日に連合国軍総司令部から、船舶運営会による800総トン以上の鋼船の定期用船廃止などからなる「全面的民営還元の覚書」（SCAPIN2089）が発出され、それに対応する形で1950年3月31日に日本政府より船舶運航令（政令第48号）が公布され、海運の民営還元が完了した。これにより船舶運航管理令は廃止された。

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三和良一『戦後日本海運造船経営史①　占領期の日本海運』日本経済評論社、1992年、155～171頁。「船舶運航管理令」（国立公文書館デジタルアーカイブ：御31995100）。「船舶運航令」（国立公文書館デジタルアーカイブ：御32738100）。