1871年10月（明治4年8月）設置。旧藩より招集した常備兵から編成された。4鎮台制（東京、大阪、鎮西、東北）時代には鎮西鎮台と称され、第1分営が広島に、第2分営が鹿児島に置かれた。鎮西鎮台直管の管地は豊前・豊後・筑前・筑後・肥前・肥後・壱岐・対馬、第1分営が安芸・備中・備後・出雲・石見・周防・長門・隠岐、第2分営が薩摩・日向・大隅であった。明治6年1月（1873年2月）6鎮台制（東京、仙台、名古屋、大阪、広島、熊本）に移行すると熊本鎮台は第6軍管に配された。営所は熊本(管府県：白川・八代・鹿児島・都城・美々津・大分)と小倉(管府県：小倉・福岡・三瀦・佐賀・長崎)に設置された。1874年佐賀の乱や1876年神風連の乱、1876年秋月の乱及び1877年西南戦争に出動した。1888年5月師団制導入により第6師団に改編された。

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「明治６年７月　改訂鎮台条例」Ref：C09060000900、「鎮台條例中改正」Ref：C04017575100、「御署名原本・明治二十一年・勅令第二十七号・鎮台条例廃止、師団司令部条例制定」Ref：A03020021700、「御署名原本・明治二十一年・勅令第三十二号・陸軍管区表」Ref：A03020022200。