1906（明治39）年8月関東都督府陸軍部条例（勅令第204号）により設置された。関東都督府において陸軍に関する業務を担当した。参謀長と、参謀部・副官部(以上2部を幕僚と総称)・法官部・経理部・軍医部・獣医部の6部が置かれた。幕僚は参謀長の指揮下に置かれた。法官部以下の4部は都督の隷下で業務に従事したが、一部の業務については、経理部長は陸軍大臣に直隷、もしくは陸軍省経理局長の指揮監督を、軍医部長は陸軍省医務局長の指揮監督を、獣医部長は陸軍省軍務局長の指揮監督を受けた。1918（大正7）年5月軍令陸第5号により陸軍部条例が改正され、新たに兵器部が置かれた。兵器部長も一部の業務について兵器本廠長の指揮監督を受けた。1919年4月関東都督府が廃止されると、陸軍部は関東軍に改組され、民政を管掌する関東庁と分離された。

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「関東都督府陸軍部条例○韓国駐箚軍司令部条例ヲ定ム」Ref：A01200244700、「御署名原本・大正八年・勅令第九十四号・関東庁官制制定関東都督府官制廃止」Ref： A03021183400。