1898（明治31）年1月教育総監部条例（勅令第7号）により設置された。陸軍中将もしくは陸軍少将を教育総監に補し、陸軍大臣の管轄に属するとされた。本部の他、騎兵監、野戦砲兵監、要塞砲兵監、工兵監、輜重兵監の各兵監部が置かれた。1900年4月勅令第157号改正では、教育総監部は陸軍全般の教育と斉一進歩を規画すると定められ、また陸軍大将もしくは陸軍中将を教育総監に親補し、天皇に直隷すると規定された。この際に本部に代わり幕僚が置かれた。1908年12月軍令陸第20号改定では、幕僚に代わり再び本部が置かれ、本部に庶務課、第1課、第2課が置かれた。各兵監部(要塞砲兵監は重砲兵監に改編)は引き続き置かれ、教育総監に隷属することとされた。

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「御署名原本・明治三十一年・勅令第七号・教育総監部条例制定監軍部条例廃止」Ref：A03020330600、「御署名原本・明治三十三年・勅令第百五十七号・教育総監部条例改正Ref：Ref.A03020456900、「参謀本部条例及教育総監部条例ヲ改定ス」Ref：A15113664600、「第６篇　陸軍緒官衙の沿革／第４　教育総監部」Ref：C13071356500。