1906（明治39）年5月勅令第121号に基づき、内閣総理大臣の管理下に設置された。軍用馬の改良・繁殖等の業務を担った。1910年6月陸軍大臣の管理下に移管され、馬政長官に現役の陸軍中将または少将が就任することとなった。1923（大正12）年3月農林省に畜産局が設置されたことにより馬政局は廃止となった。

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「御署名原本・明治三十九年・勅令第百二十一号・馬政局官制」Ref：A03020672300、「御署名原本・明治四十三年・勅令第三十四号・馬政局官制中改正」Ref：A03020834700。