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衛生課は台湾総督府において衛生業務を担当した部署である。1919年6月以降は警務局の下に置かれた。1919年6月、衛生課が新設の警務局に移された。1920年9月、衛生課の業務が以下のように改正された。伝染病および地方病に関する事項、保健衛生に関する事項、上水・下水および市区港湾の衛生計画に関する事項、医制、薬制ならびに売薬に関する事項、官公立医院に関する事項、阿片および阿片代用品取締に関する事項、済生会その他施薬に関する事項。1924年12月、衛生課の業務に海港検疫に関する事項が追加された。1939年6月、衛生課の業務に熱帯医学研究所の事務中衛生行政に関する事項が追加された。1940年11月、衛生課の業務に以下の事項が追加された。医薬品および衛生資材の配給統制に関する事項、牛乳および乳製品の配給統制に関する事項。1942年11月、衛生課の業務に国民体力法の施行に関する事項が追加された。1944年5月、衛生課の業務に以下の事項が追加された。保健所に関する事項、壮丁の衛生対策に関する事項、防空医療救護に関する事項、南方衛生要員に関する事項、南支那および南洋の衛生施設に関する件。1945年1月、衛生課の業務に勤労衛生に関する事項が追加された。1945年9月、衛生課の業務から防空医療救護に関する事項が削除された。

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A03021205100「臺灣總督府官房竝民政部事務分掌規程」（台湾総督府訓令第100号、1919年6月29日）『台湾総督府報』号外、1919年6月29日「臺灣總督府官房竝各局部事務分掌規程中改正」（台湾総督府訓令第160号、1920年9月1日）『台湾総督府報』第2194号、1920年9月1日 「臺灣總督府官房竝各局事務分掌規程」 （台湾総督府訓令第102号、1924年12月25日）『台湾総督府報』号外、1924年12月25日「臺灣總督府官房竝各局事務分掌規程中改正」（台湾総督府訓令第50号、1939年6月30日）(19390630) 3620「臺灣總督府事務分掌規程中改正」 （台湾総督府訓令第125号、1940年11月22日）『台湾総督府報』第4048号、1940年11月22日「臺灣總督府事務分掌規程改正（號外一）」 （台湾総督府訓令第109号、1942年11月1日）『台湾総督府官報』号外、1942年11月1日「臺灣總督府事務分掌規程中改正」 （台湾総督府訓令第91号、1944年5月6日）『台湾総督府官報』第635号、1944年5月6日「臺灣總督府事務分掌規程中改正」（台湾総督府訓令第１号、1945年1月3日）『台湾総督府官報』第861号、1945年1月3日「臺灣總督府事務分掌規程中改正」 （台湾総督府訓令第99号、1945年9月10日） 『台湾総督府官報』第1016号、1945年9月10日