連合艦隊は、2個以上の艦隊をもって編成される艦隊である。最初に編成されたのは、1894年7月の日清戦争の際であり、次は、日露戦争が迫る1903年12月である。その後、演習その他の目的のために所要期間のみ編成されたが、1933年5月以降常設されるようになった。太平洋戦争開戦時には、第1～第6艦隊、第1および第11航空艦隊、南遣艦隊を指揮するまで拡大。1944年8月に、連合国軍の反攻により作戦海面が日本本土近くになると、支那方面艦隊や海上護衛総司令部部隊、関係鎮守府部隊・警備府部隊なども指揮するようになる。司令部は従来軍艦内に設置されていたが、指揮範囲が拡大したため陸上に上がることになり、1944年9月29日に軽巡洋艦大淀から移され、神奈川県日吉にある慶應義塾大学内に設置された。戦争末期の1945年4月23日に海軍総隊司令部が設置されると、連合艦隊司令長官が海軍総司令長官を兼任するようになる。終戦時の司令長官は、海軍中将小沢治三郎。1945年10月10日に解隊した。

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『戦史叢書 大本営海軍部・連合艦隊〈1〉開戦まで』、256～258頁『戦史叢書 大本営海軍部・連合艦隊〈6〉第三弾作戦後期』、255～268頁『戦史叢書　大本営海軍部・連合艦隊<7>戦争最終期』、155～160頁、479頁