1889（明治22）年3月参謀本部条例が制定されたのに伴い設置された。陸軍大将または中将が任じられた。天皇に直隷し、帷幄の軍務に参画し参謀本部の事務を管理した。戦略上の軍令に関する事項は参謀総長の管轄とされ、親裁の後、平時にあっては直ちに陸軍大臣に軍令を下し、戦時においては直ちに師団長もしくは特命司令官に伝宣して、軍令を施行させた。また陸軍参謀将校を統轄し、その教育を監督し、陸軍大学校、陸地測量部を統督することが規定された。1893年10月参謀本部条例改正で、在外国公使館附陸軍武官を統督することが新たに定められた。

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「参軍官制陸軍参謀本部条例海軍参謀本部条例ヲ廃シ参謀本部条例ヲ制定ス」Ref：A15111718700、「戦時大本営条例」Ref：A15060071700、「参謀本部条例改正」Ref：A03020147800。